Var är Anne Frank handlar om Kitty, den påhittade vän som Anne talar till i sin dagbok som kommer till liv i museet som en gång var familjen Franks gömställe. Genom dagboken återuppväcks Kittys minnen, för om Kitty lever måste det betyda att Anne också lever. Kitty ger sig ut på ett sökande som kommer att ta henne från dagens Amsterdam och tillbaka till det krigshärjade Europa för att hitta sin gamla vän.

Ari Folman är tillbaka efter den internationellt prisbelönta animerade filmen Waltz with Bashir med familjefilmen Var är Anne Frank, baserad på den världsberömda Anne Franks dagbok.