I en värld av korruption och girighet, vaknar en mystisk man i öknen. Mannen, till det yttre slående lik Jesus, beger sig mot staden för att finna uppehälle och framför allt guld. Hans färd tar honom vidare upp i ett torn där han möter en alkemist, som säger sig ha vad mannen söker. Tillsammans med sju udda följeslagare reser de mot det heliga berget där alkemisten lovat ett högre stadium av tillvaro. The Holy Mountain är Jodorowskys magnum opus, en surrealistisk exposé i esoterism, mysticism och religiösa symboler.