I ett avlägset kloster i 1940-talets Australien drivs ett hem för föräldralösa aboriginska barn av nunnan syster Eileen (Cate Blanchett). En ny pojke lämnas mitt i natten – en pojke som verkar ha speciella krafter. När klostret får en dyrbar relik av Kristus på korset, möter den nya pojken Jesus för första gången och blir trollbunden.

Men pojkens aboriginska andliga liv står i kontrast till missionens kristendom och hans mystiska krafter blir ett hot. Syster Eileen står inför ett val mellan hennes tros traditioner och sanningen som förkroppsligas i pojken, en andlig kamp och kostnaden för överlevnad.